Existe uma opção não documentada --icon
que faz o tomboy iniciar sem mostrar uma janela. Ele tinha um bug ( bug # 566421 ), que agora foi resolvido.
Além disso, você pode usar o applet tomboy : clique com o botão direito do mouse no painel, escolha "Adicionar ao painel" e selecione "Notas do Tomboy". O applet de painel é semelhante ao ícone da área de notificação e fornece a mesma funcionalidade (teclas de atalho e menu pop-up).