O mesmo problema. Usando o Ubuntu 11.10 com o shell do gnome no netbook Asus 1225B. Eu tenho outro Laptop com Ubuntu 11.10 Unity, onde este problema não ocorre. Então eu acho que isso é um problema do shell do gnome.
Eu uso um monte de ferramentas de configuração no meu netbook, eu acho que um deles também é capaz de alterar a configuração do atalho, mas tem o padrão salvo, então talvez você redefina a configuração do atalho usando essa ferramenta para alterar o som de login como queiras. Eu tenho meu netbook por alguns dias, então não pude verificar isso.