inicia a singularidade em um script de slurm

Question

Eu tenho singularidade instalado em / usr / local / bin e quero lançar singularidade do meu slurm scirpt no meu cluster linux, mas eu continuo recebendo este erro "error: / var / spool / slurm / d / job01485 / slurm_script: line 21: singularity: comando não encontrado "

Estou configurando meu caminho corretamente?

Aqui estão as partes importantes do meu script de slurm:

#!/bin/bash
#BATCH --mail-user=
##SBATCH --mail-type=ALL
##SBATCH --nodes=2    # comments allowed
##SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --time=00:10:00
##SBATCH --mem=500M
#SBATCH --output=test4.out



export PATH=$PATH:/usr/local/bin
echo $PATH
# where are we running?
pwd
hostname
singularity exec s.simg  hostname

# which OS is this?
cat /etc/issue
singularity exec s.simg

    

Answer 1

A menos que você seja root, / usr / local / bin já deve estar em seu caminho, já que o slurm executará o trabalho como seu usuário.

O mais provável é que a singularidade não tenha sido instalada nos nós de computação nos quais o slurm está alocando seu trabalho.

Se você mesmo estiver criando o cluster, recomendamos a configuração do sistema módulo e de uma montagem compartilhada apenas para aplicativos e módulos arquivos.

Isso permitirá que você tenha uma fonte central para manter tudo atualizado.