Você pode escolher o local do arquivo de imagem de disco virtual.
Se você usar a ferramenta qemu-kvm
along Virtual Machine Manager
GUI para criar sua nova máquina virtual, você terá a opção de criar / escolher uma imagem de disco para a nova máquina virtual. Existem opções de linha de comando também para o mesmo.
Se você usar o VirtualBox
do Oracle novamente, terá a opção de escolher o local da imagem do disco.
Então, tudo depende de você onde você deseja manter o arquivo do disco rígido virtual. Se você continuar com todas as opções padrão, estará em algum lugar dentro de /home/username/somefolder/