Não funciona porque bash
fará a expansão de parâmetros e a substituição de comandos no heredoc
. Experimente usar aspas simples em torno de RUNTHIS
para protegê-lo.
ssh server.com<<'RUNTHIS'
FILE_COUNT=$(ls -AU /foo/bar/test_dir)
echo "$FILE_COUNT" > ~/file_count.txt
RUNTHIS