Ok, eu estava lendo o README no novo código-fonte. Cheguei na linha onde diz: instale dependências:
$ sudo apt-get install cmake intltool libgtk-3-dev libssh-dev libavahi-ui-gtk3-dev libvte-2.90-dev libxkbfile-dev
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
cmake is already the newest version.
Suggested packages:
autoconf2.13 autoconf-archive gnu-standards autoconf-doc libtool
libgtk-3-doc libssh-doc
The following NEW packages will be installed:
autoconf automake autotools-dev intltool libatk-bridge2.0-dev
libavahi-client-dev libavahi-common-dev libavahi-glib-dev libavahi-ui-gtk3-0
libavahi-ui-gtk3-dev libdbus-1-dev libgtk-3-dev libssh-dev libssl-dev
libssl-doc libvte-2.90-dev libvte-2.90-doc libwayland-dev libxkbcommon-dev
libxkbfile-dev
0 upgraded, 20 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
Need to get 4,839 kB of archives.
After this operation, 28.4 MB of additional disk space will be used.
Do you want to continue? [Y/n] Y
Uma vez que eu instalei isso, eu testei a versão antiga que estou usando atualmente, Remmina 0.9.99.1 executa (como aconteceu), mas a funcionalidade de copiar e colar foi retomada.
A fonte da versão 1 ainda não conseguiu compilar, isso é uma chatice, mas, desde que eu possa copiar e colar em uma versão relativamente nova, estou bem com esta solução. Experimente se quiser.