Coloque as diretivas na configuração do servidor ( httpd.conf
ou melhor em httpd.conf.d/
dependendo da sua distribuição) para aplicá-las em escopo global . A documentação para mod_autoindex lista todas as diretivas a serem permitidas em configuração do servidor contexto.
Você provavelmente deve configurar um alias global para os arquivos de índice automático para que todos os VirtualHosts possam acessá-los usando caminhos relativos. Veja a pergunta "Global Apache Alias, ignorando hosts virtuais" para detalhes.