Eu inicio alguns terminais do urxvt a partir da minha configuração do i3 sempre que inicio uma nova sessão do i3. No entanto, se eu executar xrdb ~/.Xresources para recarregar minha configuração de urxvt e, em seguida, iniciar outro terminal, o tamanho da fonte será muito menor que o dos terminais iniciados a partir da configuração do i3. 
Euseiqueambasasinstânciasestãolendo~/.Xresourcesporqueéondeeudefinooesquemadecores.Eumedepareicomumhacktotalcomxrandr--dpi196duranteapesquisa,eissorealmentetornaostamanhosdefonteiguais,masasfontesdabarradestatusficammuitograndescomoresultado.
Eutambémtenteiadicionarexec"xrdb ~/.Xresources" à configuração do i3 antes de iniciar os terminais na inicialização, mas isso não ajuda - os terminais de inicialização são os mesmos, e assim que eu inicio um novo terminal, ele tem um tamanho de letra muito pequeno. Eu estou supondo que a resolução da tela é determinada de forma diferente na inicialização do que é mais tarde, mas não tenho certeza sobre como depurar isso.
Minha configuração do i3 e ~/.Xresources estão vinculados aqui .
Para executar este comando automaticamente, tenho
userressources=$HOME/.Xresources
if [-f $userressources]
then
xrdb -merge $userressources
fi
no arquivo .xprofile .
Veja também Como carregar o ~ / .Xresources ao iniciar o X? / a>
De Diferença entre .xinitrc, .xsession e .xsessionrc parece que o arquivo que você deve colocar depende do seu gerenciador de login. Provavelmente estou usando o LightDM.