Eu resolvi o problema procurando pelo arquivo libpci.a no 64bit Fedora, o arquivo estava localizado em /usr/lib64/
so runing:
sudo ln -sf /usr/lib64/libpci.a /usr/local/lib/libpci.a
e, em seguida, executar novamente solucionou o problema.
Portanto, toda a solução (baseada no artigo do CentOS):
sudo dnf install pciutils-devel pciutils-devel-static libx86-devel
# if you have 32bit system, just remove 64 from lib
sudo ln -sf /usr/lib64/libpci.a /usr/local/lib/libpci.a
# you can check if there are no new version 1.1 was latest when writing this
wget http://www.codon.org.uk/~mjg59/vbetool/download/vbetool-1.1.tar.gz
tar xzvf vbetool-1.1.tar.gz
cd vbetool-1.1
./configure && make && make install