Suponho que seus valores estão aumentando e que você deseja imprimir uma linha se a diferença entre a última linha impressa e a linha atual exceder um limite:
awk -v n=10000 '$2 - p >= n { print; p = $2 }' infile
Saída:
1 176506 C
1 188778 C
1 199878 T
1 259923 H
1 346868 J
1 356882 U
1 396293 L