Primeiro, você pode simplesmente colocá-lo em / boot ou onde quiser.
Segundo, é possível ter o kernel nos metadados da partição e você não o verá no sistema de arquivos, mas irá inicializar o sistema normalmente.
Portanto, a ausência de imagem do kernel em / boot não é realmente um problema ou algum bug. E com certeza não é motivo de problema mencionado em sua solicitação falha para inicializar .