Resolvido:
era um "recurso" no lpd. Por padrão, o lpd imprime um "banner" e cria 2 arquivos de spool. O primeiro arquivo de spool foi impresso, mas é apenas o banner e o segundo arquivo foi ignorado por cups-pdf.
Eu tive que desativar o banner no xinetd.conf
server_args = -o document-format=application/octet-stream -o job-sheets=none,none
Isso resolveu meu problema.