Você não pode simplesmente mover a pasta de volta?
#!/bin/bash -l
#$ -S /bin/bash
#$ -N $1
rm -rf ~/.minecraft
cp -rn /media/$1/MC/minecraft ~/.minecraft
java -jar Minecraft.jar
rm -rf /media/$1/MC/minecraft
cp -rn ~/.minecraft /media/$1/MC/minecraft
Estou sentindo falta de algo?