Não estou familiarizado com nenhum desses gerenciadores de arquivos. Você já tentou uma cópia simples? ou seja: timex cp <X> <Y>
Talvez os gerenciadores de arquivos estejam fazendo uma verificação após a cópia? Possivelmente algum tipo de checagem de checksum / md5?
Versão no NFS em uso? zpool no servidor ok? zpool status -x