Porque é assim que o Ubuntu foi projetado. Quando você instala um aplicativo do Ubuntu Software Center, o Ubuntu coloca um ícone apenas para o usuário que instalou o aplicativo.
Desde 12.04, quando um software adicional é instalado, o centro de software do Ubuntu coloca um ícone no lançador, representando um arquivo .desktop em /usr/share/app-install/desktop/ . Esse arquivo da área de trabalho não é "anulado" por um arquivo .desktop (possível) local em ~.local/share/applications .
Minha pergunta é:
Por que o ícone inicial (arquivo .desktop) é colocado lá e não é o arquivo .desktop padrão usado que está localizado em /usr/share/applications ?
Porque é assim que o Ubuntu foi projetado. Quando você instala um aplicativo do Ubuntu Software Center, o Ubuntu coloca um ícone apenas para o usuário que instalou o aplicativo.