Você pode fazer assim
awk 'NR==FNR{a[$1$2]=$3;next}
{k=$1$2;print k,a[k],$3;delete a[k]}
END{for(k in a)print k,a[k]}' test1 test2
test1 e test2 são os dois arquivos combinados
Aqui está o exemplo:
[xxxx@xxxx test]$ awk 'NR==FNR{a[$1$2]=$3;next}
{k=$1$2;print k,a[k],$3;delete a[k]}
END{for(k in a)print k,a[k]}' test1 test2
job_id | execution_time execution_time
--------+--------------------
12347 | 00:01:43.634521
12345 | 00:04:42.454282 00:02:34.321451
12346 | 00:03:26.360487