No PostgreSQL, você pode verificar quais outros processos estão sendo executados por meio do pg_stat_activity vista do sistema. Se você puder reconhecer seu processo de longa duração, você poderia iniciar seu cron job verificando essa tabela. Se houver uma entrada para o processo de longa duração, aguarde. Você pode pesquisar o banco de dados de vez em quando, ou você pode usar o LISTEN / NOTIFY para sinal de que o banco de dados está pronto (isso pode exigir mudanças nos dois scripts)
A vantagem deste método é que ele funciona se ambos os scripts não estiverem sendo executados na mesma máquina, mas pode ser um pouco mais complexo para configurar corretamente.