SE você é o pai ou irmão, você pode manter uma referência a stdin do processo ksh e enviar comandos dessa maneira, mas geralmente, você não pode enviar comandos para um processo de execução aleatório dessa maneira. Então, no seu exemplo, você poderia usar o script perl para enviar comandos para o ksh no stdin. Mas seu script bash de login não sabe sobre o ksh em execução após o script perl sair.