Uma vez eu precisei alterar o menu de inicialização em uma iso debian. Nota: isto foi em uma versão mais antiga, e não foi netboot. Espero que os pontos abaixo sejam úteis, mas talvez seja necessário adaptá-los. Em particular, verifique se o caminho de isolinux/menu.cfg está correto para o seu caso.
O script de shell que usei para fazer isso funcionou montando a iso, fazendo algumas alterações e, em seguida, fechando-a. Depois de montar o iso, o script continha a linha:
sed -i "s/include live.cfg/#include live.cfg/" isolinux/menu.cfg
Isso removeu o live.cfg do menu, então a opção de instalação apareceu no topo.
Meu script de shell continha outra linha que você pode achar útil:
sed -i "s/timeout 0/timeout 1/" isolinux/isolinux.cfg
A idéia era forçar o menu a expirar após 0,1s