O problema realmente se mostrou que o novo sistema de arquivos raiz não possuía recursos ext4 suficientes, por isso estava tentando verificá-lo como ext3 e com falha.
Inicializar de volta em uma distribuição ao vivo e seguir um guia para converter o sistema de arquivos em ext4 resolveu esse problema (e provavelmente melhorou o desempenho também.
O guia que usei foi: