Como disse o ridgy, sugiro usar o find para obter os arquivos que você deseja converter:
#!/bin/bash
folder=/home/marius/data/LibriSpeech/train-clean-100
for file in $(find "$folder" -type f -iname "*.flac")
do
name=$(basename "$file" .flac)
dir=$(dirname "$file")
echo ffmpeg -i "$file" "$dir"/"$name".wav
#ffmpeg -i $file $dir/$name.wav
#rm $file
done
Use também aspas ao expandir as variáveis para possíveis problemas com espaços em branco e, para esse tipo de scripts, verifique com echo se ele faz o que você deseja antes de executar.