even though their permissions should allow me, as they did before
.. é simplesmente uma suposição ruim.
O usuário selecionado obviamente e felizmente não tem acesso ao diretório /root
.
O motivo pelo qual ele funciona primeiro é porque o usuário não tenta entrar no diretório em que não tem permissão. Os subdiretórios mencionados parecem ter permissões mais soltas que você deve corrigir.