Resposta do IporSircer nos comentários. A qualidade diminui significativamente, mais do que o esperado, na Fig. 1. Então rejeite o método.
Estou tentando reduzir o tamanho de meus Rplots, então estou tentando o script sh. Configurações
# http://www.alfredklomp.com/programming/shrinkpdf/
masi@masi:~/Documents$ ls -la shrinkpdf.sh
-rwxr-xr-x 1 masi masi 3107 Nov 15 23:12 shrinkpdf.sh
Eu corro isso
masi@masi:~/Documents$ ./shrinkpdf.sh Rplots.bland.altman.3.pdf > out.pdf
GPL Ghostscript 9.06: Unrecoverable error, exit code 1
OS: Debian 8.5
Ghostscript: 9,06
Arquivo de teste: saídas básicas de R