Qualquer programa ou script executado por um usuário, seja esse usuário root ou uma conta comum, será executado com os privilégios associados à conta que está executando o programa.
Quando você tem o root rodando um programa, o programa pode fazer tudo que o root pode fazer.
Se você tem um programa pertencente a um usuário comum que é executado pelo root, esse usuário tem, implicitamente, acesso root porque o programa pode fazer qualquer coisa que o usuário tenha programado.