Você não pode. Não com o comando ls
de qualquer maneira.
No Unix, um arquivo ou diretório fica oculto quando o primeiro caractere de seu nome é ".". Essa é uma convenção, não um recurso real do sistema operacional. Ou seja, os aplicativos fazem um favor ao não mostrar arquivos que começam com ".". Geralmente, há uma maneira de substituir esse recurso, por ex. com a opção "-a" para ls (1).
Parece-me que o Nautilus tem algum código extra para ocultar outras coisas, como lost + found. Alguns chamariam isso de falta de funcionalidade, mas suspeito que seja configurável.
Além disso, alguns sistemas operacionais, como o Mac OS, permitem que os arquivos tenham atributos extras, um dos quais é "oculto". Eu acho que o comando ls (1) pode honrar essa bandeira (mas eu não testei isso.) Se você estiver usando o Nautilus, provavelmente não está executando o Mac OS, então isso não se aplica a você.
Em geral, ferramentas de linha de comando, como ls (1), especialmente as mais antigas, não terão esses recursos. IMHO, isso é uma coisa boa. Em última análise, você quer algumas ferramentas que sempre lhe dirão a verdade. ls -a
sempre lhe dirá a verdade sobre o que está em um diretório.