O que eu costumo fazer em minhas instalações de dual-boot é manter partições separadas para Windows e Linux, mantendo também a pasta /home
dentro da partição Linux também. Então, eu apenas symlink as pastas na minha pasta pessoal para aqueles localizados na partição de dados (E :). Para o Windows, eu faço o mesmo: eu mantenho minha pasta de usuário dentro da partição do Windows e então faço uma ligação simbólica das pastas para apontar a partição de dados. Esse layout me permite isolar rapidamente os dados dos SOs, caso algum deles seja corrompido, infectado, quebrado, não inicializável, etc. Se isso acontecer, só perco os arquivos do aplicativo e nenhum dos meus arquivos pessoais.