Para lidar adequadamente com os delimitadores citados, você deve considerar o uso de um analisador CSV desenvolvido para a finalidade - por exemplo, aquele do módulo perl Text :: CSV. Por exemplo,
paste -d, input.csv column.csv | perl -MText::CSV -ne '
BEGIN {$csv = Text::CSV->new()}
if ($csv->parse($_)) {
@a = $csv->fields();
splice(@a, 3, 1);
print join(",", @a) . "\n";
}'
1,2,3,9,12,30
1,2,3,9,12,36
1,2,3,9,12,90