Para desabilitar esse desvanecimento é desativar as animações gtk do furo. Faça isso editando ou criando o arquivo ~/.gtkrc-*.0
e adicione esta linha:
gtk-enable-animations = 0
Em seguida, faça o logoff e ligue novamente.
Nota: * refere-se à sua versão gtk (2 ou 3), então substitua-a pela sua.