Acho que estou tendo um problema semelhante. Aqui está uma captura de tela:
Isso acontece com vários graus de desfocagem e entra e sai de maneira um tanto aleatória. Estou em um laptop Asus com drivers proprietários da NVIDIA instalados.
Eu tenho o Fedora 24 Workstation, no qual eu mais tarde instalei o KDE. Por quase três semanas, tudo estava bem. Mas uma semana atrás, eu tive meu KDE ocasionalmente brilhando com interface semitransparente.
A maioria dos aplicativos tinha problemas com a interface: menus sobrepostos, cores erradas, etc., tinham lags de rolagem no Firefox.
Às vezes, o problema persiste com várias reinicializações, mas, para mim, isso acontece e termina de forma aleatória.
Tem alguma ideia do que possa ser?