Executando o programa de moléculas (para meu sistema operacional está em /usr/libexec/xscreensaver/molecule ) com --help , e olhando para man molecule não fornece nenhuma maneira óbvia de alterar essa aparência. Contudo,
um rápido olhar através das cadeias no binário da aplicação mostra um típico recurso X11 para a fonte do título:
$ strings /usr/libexec/xscreensaver/molecule | grep -i font
...
*titleFont: -*-helvetica-medium-r-normal-*-*-180-*-*-*-*-*-*
Assim, você pode executar o programa com a opção -xrm para definir esse recurso como uma fonte (e tamanho) de sua escolha. Teste com o comando
/usr/libexec/xscreensaver/molecule -xrm '*titleFont:-*-helvetica-bold-r-normal-*-68-*-*-*-*-*-*-*'
(ou onde quer que esteja no seu sistema operacional). O número 68 aqui é a largura do pixel da fonte. Se não houver mudança e você receber um erro sobre essa fonte, provavelmente precisará instalar mais algumas fontes padrão.
Uma vez feliz com a aparência, salve a fonte desejada.
Use o xscreensaver-demo gui para fazer isso, ou simplesmente edite ~/.xscreensaver para que a linha com GL: molecule -root \n\ seja substituída, por exemplo:
GL: molecule -root -xrm '*titleFont:-*-helvetica-bold-r-normal-*-68-*-*-*-*-*-*-*' \n\
Note que isto só é possível porque este programa é uma aplicação X11 nativa da velha escola. Os programas mais novos geralmente usam bibliotecas gráficas e métodos mais complicados para definir sua aparência, para se adequarem à "aparência da área de trabalho".