Eu estava tentando definir o alias para o comando:
{cutadapt -O 24 -q 19,19 -m 30 -g TATAGAATTCGCGGCCGCTCGCGATAATACGACTCACTATAGGGCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT -g TATAGAATTCGCGGCCGCTCGCGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT -g GTATAGAATTCGCGGCCGCTCGCGAT -a CGCCCTATAGTGAGTCGTATTATCGCGAGCGGCCGCGAATTCTATA -a ATCGCGAGCGGCCGCGAATTCTATAC'
}
então adicionei isso ao meu arquivo .cshrc:
alias cutqtzPro_RT 'cutadapt -O 66 -q 18,18 -m 25 -g TATAGAATTCGCGGCCGCTCGCGATAATACGACTCACTATAGGGCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT'
e originado o .cshrc
source .cshrc
mas não funcionou. shell não encontrou "cutqtzPro_RT" como um comando.
Este link parece sugerir o uso de aspas duplas de aspas simples no csh. Eu tentei os dois, nenhum deles funcionou.
Alguma ideia ou sugestão? Eu estou usando c shell.