Eu enfrentei o mesmo problema com uso semelhante, o que significa que você não tem nenhuma tela gráfica disponível em sua máquina.
Para resolver isso, tente instalar xvfb e use o pacote wkhtmltopdf no qual pdfkit está escrito.
Em wkhtmltopdf , podemos selecionar a tela de seleção automática disponível por -a switch, então isso resolve o problema para mim. E você pode chamar wkhtmltopdf do subprocesso, então isso funciona.