Sua pergunta não especifica se você está exportando as variáveis ou não, então estou operando no pressuposto de que você não as exportou.
Defina suas variáveis como faria normalmente, mas antes de executar o comando que você precisa executar, exporte cada uma delas.
export LD_LIBRARY_PATH
export CFLAGS
Desta forma, você torna a variável disponível para tudo que você executa nessa sessão em particular.