Se você quiser executar apt-get como usuário normal, precisará adicionar uma linha ao seu arquivo /etc/sudoers para permitir que você execute comandos específicos sem senha.
Primeiro, altere seu script para:
#!/bin/bash
sudo apt-get clean && sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade -y
Em segundo lugar, adicione a seguinte linha ao seu arquivo /etc/sudoers :
yourusername ALL=NOPASSWD: /usr/bin/apt-get
Em que yourusername é o nome de usuário do usuário que deseja executar apt-get sem senha.