Basicamente, executar o Nameserver no mesmo host que o serviço que é resolvido por ele, não é uma boa idéia. Se o servidor ficar inativo, você nem conseguirá receber e-mails depois de um tempo, porque os registros MX não estão acessíveis.
Você deve procurar separar o serviço de nomes e outros serviços como web, smtp, ftp ou qualquer outra coisa.
Então, por enquanto, você deve inserir o endereço IP de seu NOVO servidor de nomes (bind) nas configurações dos registradores de domínio para esse domínio.
Para descobrir em qual registrador o domínio está registrado, tente:
$> dig NS your-domain
Isso lhe dá um endereço IP, que você alimenta para "whois":
$> whois IP
Isso fornece as informações de contato do registrador, que detém o domínio. Talvez você possa encontrar alguns documentos em seu arquivo com esse nome, que forneçam informações de contato mais detalhadas e / ou códigos de acesso.
Após uma atualização no registrador, você terá que esperar por minutos até horas, não mais. Enquanto isso, você também pode ativar o servidor de nomes antigo, se ainda estiver ativo, se isso ajudar, e fazer a atualização para o novo servidor de nomes, passo a passo.
Boa sorte!