Pergunta interessante.
O código abaixo está escrito frouxamente para resolver o problema.
Sem título, porque o código a seguir supõe que os arquivos tenham "espaço". Também assumindo que, a primeira linha de todo script .conf terá timestamp como "#YYYYMMDD"
Sinta-se à vontade para modificá-lo conforme necessário.
#!/bin/bash
for i in 'find /etc -name *.conf'
do
Current_date=$(date +"%Y%m%d")
date_to_compare=$(head -n1 $i | sed 's/^#//g')
if [ $Current_date -ge $date_to_compare ]; then
echo "Move the file to new directory"
echo "Start the relevant service"
fi
done