Eu encontrei minha resposta.
Nunca, jamais, deixe nenhum arquivo em seu diretório habilitado para sites - eu tinha um arquivo de configuração antigo do vhost que foi salvo como host.bck, que por algum motivo estava sendo lido pelo Apache, e executava a configuração para todos vhosts ... basicamente meus arquivos de configuração não estavam funcionando quando descobri isso.