Eu gostaria de ver o status SMART do disco, para ter certeza de que esse não é o problema.
Se estiver tudo bem, você pode tentar dar o processo menor IO, para que ele não congele o sistema
sudo ionice -c3 rm -rf ~/.local/share/Trash/*
EDITAR:
Eu não entendo por que isso é downvoted aqui? Eu verifiquei e é uma resposta aceitável em serverfault