O Ubuntu 17.10 será o padrão para Wayland ao invés de X para exibição, mas somente quando possível, então X é usado. A escolha deve ser oferecida clicando na pequena engrenagem ao lado do botão de login na tela de login. Escolhas com (Xorg) nelas rodarão X, e devem ser usadas para compatibilidade máxima com programas (seu caso). Se você tem uma escolha com apenas o rótulo "ubuntu", que é wayland, e como você percebeu, muitos programas têm problemas. Eu tenho visto opções adicionais como "unidade", que executa a interface de unidade antiga em X. Algumas pessoas nem sequer recebem o equipamento (mídia ao vivo, máquinas virtuais, ...) por isso não podem nem escolher, mas eu acho que eles são padronizados X, então não terá problemas Wayland. Não está claro por que Wayland nem sequer é oferecido em alguns casos, talvez houvesse tantos problemas, houve uma última segunda mudança. O tempo vai resolver esses problemas, mas por enquanto, se você puder executar o X, será melhor fazê-lo.