Eu uso nautilus-open-terminal (clique para instalar) do repositório do Ubuntu (não é necessário adicionar um ppa !) Isso adiciona um item "abrir no terminal" ao menu do botão direito do mouse no nautilus.
sudo apt-get install nautilus-open-terminal
Depois você tem que reiniciar o nautilus fazendo logout, em seguida, de volta, ou este comando:
nautilus -q && nautilus &