Você pode criptografar qualquer arquivo existente com a mesma ferramenta de criptografia e opções, usando o redirecionamento de shell padrão. Por exemplo:
openssl des3 -salt -k #PASSWORD# < oldfile.tar.gz > newfile.tar.gz
se você quiser substituir o arquivo antigo pela nova versão criptografada, então:
openssl des3 -salt -k #PASSWORD# < oldfile.tar.gz > newfile.tar.gz && mv -f newfile.tar.gz oldfile.tar.gz