Estou executando o Ubuntu Unity padrão, nunca mudei nenhum tema. E isso aconteceu por si só, primeiro por um único ícone, depois por todos.
Eu tentei reiniciar pensando que os drivers da ATI podem ter enlouquecido e recarregado tudo deve funcionar bem, mas isso não aconteceu.
Uma coisa a acrescentar é que, quando abro qualquer lista suspensa, o ícone do menu é mostrado bem, desde que a lista suspensa esteja aberta.