Eu ia mencionar comandos como ffmpeg ou avconv (o novo) que podem, obviamente, dividir arquivos em grupos. Por exemplo:
FFMPEG
ffmpeg -ss 00:00:00 -t 00:30:00 -i input.avi -vcodec copy -acodec copy output1.avi
ffmpeg -ss 00:30:00 -t 00:30:00 -i input.avi -vcodec copy -acodec copy output2.avi
ffmpeg -ss 01:00:00 -t 00:30:00 -i input.avi -vcodec copy -acodec copy output3.avi
Ou
ffmpeg -ss 0 -t 100 -i source.m4v -vcodec copy -acodec copy part1.m4v
ffmpeg -ss 100 -t 100 -i source.m4v -vcodec copy -acodec copy part2.m4v
ffmpeg -ss 200 -t 100 -i source.m4v -vcodec copy -acodec copy part3.m4v
ffmpeg -ss 300 -t 100 -i source.m4v -vcodec copy -acodec copy part4.m4v
AVCONV
avconv -i input.avi -vcodec copy -acodec copy -ss 00:00:00 -t 00:30:00 output1.avi
avconv -i input.avi -vcodec copy -acodec copy -ss 00:30:00 -t 00:30:00 output2.avi
avconv -i input.avi -vcodec copy -acodec copy -ss 01:00:00 -t 00:30:00 output3.avi
Ou
avconv -ss 0 -i source.m4v -t 100 -vcodec copy -acodec copy part1.m4v
avconv -ss 100 -i source.m4v -t 100 -vcodec copy -acodec copy part2.m4v
avconv -ss 200 -i source.m4v -t 100 -vcodec copy -acodec copy part3.m4v
avconv -ss 300 -i source.m4v -t 100 -vcodec copy -acodec copy part4.m4v
Ou faça um script como este aqui: link