Referindo-se a info coreutils 'ls invocation'
:
-C'
- format = vertical 'Listar arquivos em colunas, classificadas verticalmente. Este é o padrão para ls se a saída padrão é um terminal . É sempre o padrão para o programa dir. O GNU ls usa colunas de largura variável para exibir o maior número de arquivos possível no menor número de linhas.
TL; DR : não, não há diferença - esse é o padrão.