Como @muru explicado em A hora do relógio está desativada na inicialização dupla e de acordo com o Wiki do Arch :
Você pode definir o padrão de tempo do relógio do hardware através da linha de comando. Você pode verificar o que você definiu para usar:
$ timedatectl | grep local
O relógio do hardware pode ser consultado e definido com o
timedatectl
comando. Para alterar o tempo padrão do relógio do hardware para o horário local, use:# timedatectl set-local-rtc 1
Se você quiser reverter para o relógio de hardware que está no UTC, faça:
# timedatectl set-local-rtc 0
Podemos fazer com que o Windows use o UTC, mas às vezes temos poucos Windows e apenas um Ubuntu para nossa configuração de inicialização múltipla. Neste caso, a opção preferível é forçar um Ubuntu a usar o horário 'Local' em vez de alterar todas as configurações do Windows uma a uma.
Testei este método no Ubuntu 16.04 LTS Xenial e ele está funcionando sem nenhum problema.