Se a unidade estiver formatada como FAT32 (suponho que este seja o caso, já que você diz que é msdos), o tamanho máximo do arquivo será de aproximadamente 4gb: você pode ter muitos arquivos, mas cada um pode ter 4gb max.
Você deve reformatar o disco rígido como NTFS (se quiser manter a compatibilidade com o Windows) ou EXT3 ou EXT4