É ruim ter em todos os momentos (um) terminal logado como root? Se sim, por quê?
Sim. Bem. A ideia de desconectar seu terminal raiz é devido ao fato de que o Linux é um sistema multiusuário. Assim, outros usuários podem acessar seu terminal e emitir comandos que você não deseja que eles emitam. Com a introdução de desktops (que geralmente são de usuário único), isso é um problema menor.
A segunda questão é que alguns arquivos dependem do usuário ser o proprietário dos arquivos. Se você tocar neles como root, eles serão salvos para o usuário root e você poderá se trancar fora da área de trabalho. Nós temos várias perguntas sobre isso no Ask Ubuntu.
Mas além disso: o Ubuntu não usa root. Usamos "sudo" e (por padrão) você tem que fornecer a senha "sudo" a cada 15 minutos. Portanto, não há necessidade de "raiz". Não precisa de nada. Aprenda a viver da maneira que o Ubuntu faz. Provou que funciona na última década.
Mas ... é o seu sistema. São seus dados. Se você acredita que precisa de "root", vá em frente. A maioria de nós não vai. Quando você mexe, está na sua cabeça (mas isso também é factível usando "sudo";)).
Faça backups regulares. Verifique se você pode restaurar backups. E você sempre deve poder restaurar seu sistema.