Pode ser que 'du' liste pastas nas quais diferentes partições são montadas com o tamanho da partição e não o uso real do arquivo. Mas não tenho certeza sobre isso.
Tente o comando "df -h", para uso do espaço em disco do sistema de arquivos. Ele mostrará o tamanho e o uso de diferentes partições.
Você também pode usar o baobab, que fornece uma representação gráfica. Ele é instalado no Ubuntu por padrão. Basta digitar "Disk Usage Analyzer" no Unity hud.
Atualização:
Bem, por que o Thunderbird usa muito espaço. Por um lado, você poderia olhar para a pasta, talvez você coloque alguns outros arquivos inadvertidamente lá. A pasta com o nome engraçado de números e letras é um perfil de email. Os dados são mantidos em arquivos de banco de dados sqlite, então é melhor não mexer neles, mas apenas abrir o Thunderbird. Procure por e-mails com anexos. Use "File- > Empty Trash" para finalmente deletar e-mails da lixeira. Use "File- > Compact Folders" para otimizar e limpar, mas isso não lhe trará gigabytes de espaço.