Descompacte o arquivo * .deb contendo a modificação para ver de que forma o módulo é distribuído. Também dê uma olhada no conteúdo do outro pacote e veja quais arquivos são enviados para lá. Se alguns arquivos são módulos pré-compilados para uma versão específica do kernel (arquivos * .ko), então esses módulos quase certamente não cooperarão com um kernel mais recente, e atualizar o Ubuntu sem atualizar o kernel também está causando problemas.
Se, por outro lado, os módulos do kernel são distribuídos em um formato fonte (* .c), talvez contendo algum blob binário, então o pacote deb provavelmente usará dkms ou similar para ter módulos compilados para o kernel atual, e o shell script pode fazer alguma compilação para o kernel atual também. Nesses casos, você deve ver se os módulos compilam contra as fontes de um kernel atual do Ubuntu. Você deve ser capaz de compilá-los em um sistema de teste, não usando o hardware alvo ainda.
Se eles compilarem com sucesso, as chances são boas de que eles funcionem como deveriam, embora não haja garantias. Se eles não conseguirem compilar, você poderá ver se consegue localizar uma versão do kernel recente o suficiente para suportar uma atualização, mas ainda com idade suficiente para ser compatível com esses módulos. Ou você pode ajustar as fontes do módulo para levar em consideração as alterações da API do kernel.