Você definitivamente precisa fazer backup de seus dados, seja para outra partição no disco ou para um disco rígido externo, como mencionado por @karel.
O pacote que você precisa instalar no seu PC Linux para poder formatar o disco usando o sistema de arquivos FAT32 é:
dosfstools
apt-get install dosfstools
Agora que você tem as ferramentas instaladas, é hora de usá-las, para formatar a unidade usando o FAT32. Primeiro verifique a partição que você precisa converter usando:
fdisk -l
Você verá algo como * / dev / sda1, * / dev / sda2, etc. Selecione a unidade que você deseja converter. Agora vamos formatá-lo com:
mkdosfs -F 32 -I /dev/sdc1
AVISO: Certifique-se de fazer backup dos seus dados. Tenha muito cuidado antes de formatar um disco, você não será capaz de recuperar seus dados, verifique que você está aplicando o comando no dispositivo correto antes de pressionar ENTER.